מחלקת הגניזה הינה היחידה האמונה על שמירה פיזית וטיפול בדרך האופטימלית בתיעוד ההיסטורי הממלכתי.

על מחלקת הגניזה מוטלת החובה לדאוג לתנאי אחסנה נאותים לשם שמירתו של החומר המופקד לצמיתות.

במחסני הגנזך מותקנות מערכות מתקדמות להגנה על החומר: מערכת מיזוג אוויר, שנועדה ליצור תנאים אקלימיים מיטביים לשמירת החומר הארכיוני, ומערכת למניעת הצפה, שריפה, פריצה וחבלה.

מחסני הגנזך משתרעים על כ- 6,000 מ"ר והם מכילים כ- 150,000 מיכלי ארכיב תקניים.

הטיפול בכל סוגי התיעוד הארכיוני, שכוללים בתוכם נייר לסוגיו השונים, סרטי וידיאו וסרטי קול, תצלומים, תקליטורים ועוד, מחייב ידע והתמחות, תשומת לב מירבית וסבלנות.

מחלקת הגניזה אחראית גם על אולם אחסון ייעודי לחומר אור-קולי ומדיה מגנטית. באולם זה שוררים תנאים אקלימיים ייחודיים לתיעוד מסוג זה.

הפעולות השגרתיות, שמתבצעות במחלקה, כוללות: קליטת תיעוד ארכיוני חדש, איתור, שליפה, השאלה והחזרה של תיעוד הנדרש לצרכי עיון ומחקר ולצרכים אדמיניסטרטיביים ומשפטיים.

במסגרת מערך שימור החומר ושיפור השירות לציבור המעיינים, עוסקת מחלקת הגניזה עוסקת בצילום  מזוער של התיעוד ובסריקתו על גבי מדיה מגנטית.